外部JSを指定する方法がよくわりませんでした。
メソッド：：JavaScript：：主要なヘルパー：：マニュアル
を参考にしました。読み込みたいJavaScriptは
webroot/js/jquery-1.3.2.min
とかにおいて置きます。app/vendors/javascriptに置く方法は良く分かりませんでしたので諦めました。
そんで、viewから読み込みます。
// .jsはいらない
$this->addScript($javascript->link('jquery-1.3.2.min'));
これで、view/layout/default.ctpとかの
echo $scripts_for_layout;
この変数に入って出力されます。便利だけど、理解するまで時間かかったよ！